In un futuro non troppo lontano gli alieni invadono la Terra. Le grandi cittą si trasformano in deserti e gran parte della popolazione scompare. L'affascinante dottoressa Aki Ross e il suo mentore, il dottor Sid, cercano dunque di trovare una formula basata sulle onde spirituali per contrastare le forze aliene. Con l'aiuto del coraggioso Capitano Gray Edwards e del suo squadrone, i "Deep Eyes", i due scienziati si troveranno a fronteggiare anche lo scaltro Generale Hein...